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Search - clustalw 1.
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Description: CAUSA: 基于密码子-氨基酸联合序列比对构建高精确度分子进化树 生物信息学、基因组学（包括功能基因组学和比较基因组学）的主要目的是研究生物基因、蛋白和基因组的结构和功能，并重构生物基因、蛋白和基因组的进化历史。多序列比对（multiple sequence alignment, MSA)是DNA和蛋白质分子进化分析、以及结构与功能研究的基本工具。目前多序列比对已经有很多方法，如clustalw, MUSCLE, MAFFT, T-Coffee, PRANK，等等，但序列比对依然容易产生系统性偏差，导致进化分析错误，甚至造成基因、蛋白和基因组结构和功能信息的误读。 一直以来，DNA和蛋白序列比对是分开进行的。学者们认为与蛋白质序列相比，相应的DNA序列中系统发育信号消失的速度更快。因此一般在氨基酸序列水平进行比对和进化分析。近年来，最新研究表明用基于密码子的多序列比对（codon alignment, CA)能够构建更准确的分子进化树。但CA算法计算复杂度非常大，速度很慢，而且我们分析表明其错误率依然很大。 最近，我们提出了一种新的多序列比对和进化分析算法：密码子-氨基酸联合序列比对（Codon and amino acid unified sequence alignment, CAUSA)算法，将DNA和蛋白质序列组合成为“密码子-氨基酸联合序列”（Codon and amino acid unified sequences），并将其用于序列比对和进化分析。理论分析和实例证明，与通常的仅用核酸或蛋白序列的方法相比，CAUSA算法通过整合和挖掘分别埋藏在DNA和蛋白质序列中的信息，提高了多序列比对的准确度，比CA更加准确，避免了在系统发育分析中普遍发生的错误,而且计算速度大大加快。 CAUSA软件，最初被称为DNA+Pro (最新版本1.16），免费下载使用：
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Size: 65454 |
Author: ouqd@hotmail.com |
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Description: 生物序列比对程序clustw的源代码，c++实现，为序列比对研究提供很大帮助-biological sequence of procedures clustw than the source code, c realized, as compared with the sequences of great help research
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Size: 167936 |
Author: ok8848 |
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Description: 在任务级并行平台P2HP上，开发的一个demo应用程序，它将串行的ClustelW进行并行化。-Platform in mission-level parallelism P2HP developed a demo application, it will ClustelW serial and parallel.
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Size: 1932288 |
Author: 罗费 |
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Description: 经典生物信息学多序列比对工具clustalw，采用Feng-Dolittle渐进比对算法-Classic bioinformatics tools for multiple sequence alignment clustalw, using Feng-Dolittle progressive alignment algorithm
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Size: 423936 |
Author: 张 |
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Description: Java语言编写的生物信息学综合工具软件，它提供了一个统一的界面调用ncbi-blast、clustalw、几个phylip程序、chromtree和treeview 程序，还提供了多序列比对编辑等其他功能。需要安装Java环境、biojava 1.4p1，2.6M，及以上各个独立程序。-Written in Java language integrated bioinformatics tools, which provides a unified interface called ncbi-blast, clustalw, several phylip program, chromtree and the treeview program also provides a multiple sequence alignment editing and other features. Need to install the Java environment, biojava 1.4p1, 2.6M, and above all stand-alone program.
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Size: 2643968 |
Author: sxy |
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Description: CLUSTALW是一种渐进的多序列比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。-Multiple Alignments parameters
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Size: 1534976 |
Author: 安安 |
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