File list (Check if you may need any files):
source\compile.bat
......\make-jar.bat
......\ij
......\..\gui
......\..\...\YesNoCancelDialog.java
......\..\...\FreehandRoi.java
......\..\...\PlotWindow.java
......\..\...\HistogramWindow.java
......\..\...\ImageCanvas.java
......\..\...\ImageLayout.java
......\..\...\ImageWindow.java
......\..\...\Line.java
......\..\...\MessageDialog.java
......\..\...\MultiLineLabel.java
......\..\...\NewImage.java
......\..\...\OvalRoi.java
......\..\...\PolygonRoi.java
......\..\...\ProfilePlot.java
......\..\...\ProgressBar.java
......\..\...\Roi.java
......\..\...\SaveChangesDialog.java
......\..\...\StackWindow.java
......\..\...\TextRoi.java
......\..\...\Toolbar.java
......\..\...\Wand.java
......\..\...\GenericDialog.java
......\..\...\GUI.java
......\..\io
......\..\..\FileInfo.java
......\..\..\FileOpener.java
......\..\..\FileSaver.java
......\..\..\GifEncoder.java
......\..\..\GIFEncoder.java.old
......\..\..\ImageReader.java
......\..\..\ImageWriter.java
......\..\..\ImportDialog.java
......\..\..\TiffDecoder.java
......\..\..\TiffEncoder.java
......\..\..\Opener.java
......\..\..\JpegEncoder.java
......\..\..\PluginClassLoader.java
......\..\..\TextEncoder.java
......\..\..\OpenDialog.java
......\..\..\SaveDialog.java
......\..\..\RandomAccessStream.java
......\..\plugin
......\..\......\Animator.java
......\..\......\MemoryMonitor.java
......\..\......\BMP.java
......\..\......\TextReader.java
......\..\......\DICOM.java
......\..\......\RGBStackConverter.java
......\..\......\FITS.java
......\..\......\FolderOpener.java
......\..\......\MemoryTest.java
......\..\......\GelAnalyzer.java
......\..\......\Colors.java
......\..\......\twain
......\..\......\.....\Twain.java
......\..\......\quicktime
......\..\......\.........\QTCapture.java
......\..\......\RoiColor.java
......\..\......\PlugIn.java
......\..\......\Raw.java
......\..\......\RawReader.java
......\..\......\ThreadLister.java
......\..\......\CommandLister.java
......\..\......\Timer.java
......\..\......\URLOpener.java
......\..\......\Slicer.java
......\..\......\StackWriter.java
......\..\......\Options.java
......\..\......\filter
......\..\......\......\Filters.java
......\..\......\......\Benchmark.java
......\..\......\......\Profiler.java
......\..\......\......\XYCoordinates.java
......\..\......\......\Resizer.java
......\..\......\......\Macro1.java
......\..\......\......\Macro2.java
......\..\......\......\Equalizer.java
......\..\......\......\Rotator.java
......\..\......\......\Filler.java
......\..\......\......\Scaler.java
......\..\......\......\Waves.java
......\..\......\......\PlugInFilter.java
......\..\......\......\Transformer.java
......\..\......\......\Printer.java
......\..\......\......\LutViewer.java
......\..\......\......\Info.java
......\..\......\......\XYWriter.java
......\..\......\......\Shadows.java
......\..\......\......\Writer.java
......\..\......\......\Analyzer.java
......\..\......\......\Binary.java
......\..\......\......\SaltAndPepper.java
......\..\......\......\ParticleAnalyzer.java
......\..\......\......\ImageMath.java
......\..\......\......\BackgroundSubtracter.java
......\..\......\......\LineGraphAnalyzer.java