File list (Check if you may need any files):
source
......\api
......\aREADME.txt
......\build.xml
......\compile.bat
......\frame-icon.gif
......\ij
......\..\Executer.java
......\..\gui
......\..\...\FreehandRoi.java
......\..\...\GenericDialog.java
......\..\...\GUI.java
......\..\...\HistogramWindow.java
......\..\...\ImageCanvas.java
......\..\...\ImageLayout.java
......\..\...\ImageWindow.java
......\..\...\Line.java
......\..\...\MessageDialog.java
......\..\...\MultiLineLabel.java
......\..\...\NewImage.java
......\..\...\OvalRoi.java
......\..\...\PlotWindow.java
......\..\...\PolygonRoi.java
......\..\...\ProfilePlot.java
......\..\...\ProgressBar.java
......\..\...\Roi.java
......\..\...\SaveChangesDialog.java
......\..\...\StackWindow.java
......\..\...\TextRoi.java
......\..\...\Toolbar.java
......\..\...\Wand.java
......\..\...\YesNoCancelDialog.java
......\..\IJ.java
......\..\ImageJ.java
......\..\ImageJApplet.java
......\..\ImagePlus.java
......\..\ImageStack.java
......\..\io
......\..\..\FileInfo.java
......\..\..\FileOpener.java
......\..\..\FileSaver.java
......\..\..\GifEncoder.java
......\..\..\GIFEncoder.java.old
......\..\..\ImageReader.java
......\..\..\ImageWriter.java
......\..\..\ImportDialog.java
......\..\..\JpegEncoder.java
......\..\..\OpenDialog.java
......\..\..\Opener.java
......\..\..\PluginClassLoader.java
......\..\..\RandomAccessStream.java
......\..\..\RoiDecoder.java
......\..\..\SaveDialog.java
......\..\..\TextEncoder.java
......\..\..\TiffDecoder.java
......\..\..\TiffEncoder.java
......\..\LookUpTable.java
......\..\Macro.java
......\..\measure
......\..\.......\Calibration.java
......\..\.......\CurveFitter.java
......\..\.......\Measurements.java
......\..\.......\ResultsTable.java
......\..\Menus.java
......\..\plugin
......\..\......\Animator.java
......\..\......\BMP.java
......\..\......\BrowserLauncher.java
......\..\......\ClassChecker.java
......\..\......\Colors.java
......\..\......\CommandLister.java
......\..\......\Compiler.java
......\..\......\Converter.java
......\..\......\DICOM.java
......\..\......\filter
......\..\......\......\Analyzer.java
......\..\......\......\BackgroundSubtracter.java
......\..\......\......\Benchmark.java
......\..\......\......\Binary.java
......\..\......\......\Calibrator.java
......\..\......\......\Convolver.java
......\..\......\......\Duplicater.java
......\..\......\......\EDM.java
......\..\......\......\Equalizer.java
......\..\......\......\Filler.java
......\..\......\......\Filters.java
......\..\......\......\FractalBoxCounter.java
......\..\......\......\GaussianBlur.java
......\..\......\......\ImageMath.java
......\..\......\......\ImageProperties.java
......\..\......\......\Info.java
......\..\......\......\LineGraphAnalyzer.java
......\..\......\......\LutViewer.java
......\..\......\......\Macro1.java
......\..\......\......\Macro2.java
......\..\......\......\ParticleAnalyzer.java
......\..\......\......\PlugInFilter.java
......\..\......\......\Printer.java
......\..\......\......\Profiler.java
......\..\......\......\Projector.java